前情回顾
在我的上一篇文章中,我介绍了寻找官能团的整个过程,但这些官能团是依附于分子骨架存在的。因此,现在我们需要开始寻找主链。
挑战:究竟什么是主链?
主链是国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)命名法的核心。它是决定基础名称(例如“戊烷”或“己酸”)的主要结构。但选择主链的过程出奇地复杂。
想象你是一位正在观察分子的化学家。你必须做出以下决定:
- “哪条链是‘主’链?”
- “那些非碳原子(如氮或氧)该怎么办?”
- “如果存在环状结构怎么办?它算数吗?”
国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)为此制定了一整套决策树。而且我指的是一整套完整的决策树。
国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)决策树(简化版)
在经过大量反复阅读《蓝皮书》后,我总结出了以下内容:
包含主要官能团(最高优先级)
包含最多数量的主要特征基团
基于优先元素确定的主链(氮 > 磷 > 硅 > 硼 > 氧 > 硫 > 碳)
环状结构优先于链状结构(若元素组成相同)
包含更多的原子
包含更多的多重键
主要基团的位次编号更小
不饱和键的位次编号更小
取代基数量最多
取代基位次编号的组合数值最小
按字母顺序排列时,名称引用靠前
是的,共有 11 条规则。而且为了可行性,我还省略了大量内容。
探索历程:从简单到复杂
尝试 1:仅寻找最长链
我的最初实现非常天真:只需找到最长的碳链即可大功告成。这对于简单的烷烃(如 CCCC(丁烷)或 CCCCCC(己烷))是有效的。但对于任何含有杂原子的分子,这种方法都会彻底失败。
# 这种情况有效:
"CCCCCC" → 己烷 (6 个碳原子)
# 这种情况无效:
"CSiCCNNN" → 等等,这里的主链是什么'?
问题在于,国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)将杂原子(非碳原子)的优先级置于链长之上。氮的“优先级”高于硅,而硅的优先级又高于碳。因此,一条含有 3 个氮原子的链优于一条含有 5 个硅原子的链,后者又优于一条含有 10 个碳原子的链。
尝试 2:遵循最高优先级元素
我决定构建一个系统,能够寻找任何元素(而不仅仅是碳)构成的链。其思路很简单:
对于每种高优先级元素(氮、磷、硅、硼、氧、硫、碳),找出由该元素构成的所有链,然后对它们进行评分。
这种方法适用于简单的杂原子链。但它仍然无法处理以下情况:
- 含有官能团的分子
- 主链包含多种元素的分子(例如 C-N-C-O-C)
- 含有环状结构的链
尝试 3:两遍扫描系统(当前实现)
当前的方法将问题分为两种情况:
情况 1:含有官能团的分子
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